биоинформатика

Статьи

GRA Алгоритм Эйлеров путь Пройти каждое ребро ровно раз: правило нечётных вершин и алгоритм Хирхольцера за O(E). O(V + E) 3 задачи STR Алгоритм Наивный поиск подстроки Образец прикладывают к каждой позиции текста: n · m сравнений в худшем случае, около n — на обычном тексте. O(n · m) 2 задачи STR Алгоритм Префикс-функция и КМП Все вхождения образца за O(n + m) без шагов назад по тексту; префикс-функция находит и период строки. O(n + m) 2 задачи STR Алгоритм Z-функция Сколько букв от каждой позиции совпадает с началом строки — за O(n); поиск, периоды и повторы подряд. O(n) 2 задачи STR Алгоритм Алгоритм Ахо — Корасик Все вхождения тысяч слов за один проход: бор из слов плюс ссылки отказа, как у префикс-функции. O(n + Σ|wᵢ| + z) 1 задача STR Структура данных Суффиксный массив Отсортированные хвосты текста: поиск двоичным поиском, повторы и число разных кусков по соседям. O(n log n) 2 задачи STR Алгоритм Преобразование Барроуза — Уилера Перестановка, которая сжимает текст и служит по нему указателем: обратный поиск, LF и выравнивание ридов. O(m) на подсчёт образца, O(m + k·s) на k мест 2 задачи STR Алгоритм Алгоритм Манакера Все палиндромы строки за O(n): зеркало внутри самого правого палиндрома; фаги и палиндромы в их ДНК. O(n) 2 задачи STR Алгоритм Редакционное расстояние Наименьшее число вставок, удалений и замен между двумя строками — таблица m × n и выравнивание по ней. O(m · n) 2 задачи DP Приём Динамика на отрезках Состояние — отрезок [i, j], переход — где его разрезать: дерево поиска, порядок умножения матриц, распил. O(n³) 2 задачи DP Приём Динамика на деревьях Ответ поддерева — из ответов детей: проход от листьев к корню, а для всех корней сразу — перерасчёт с корня. O(n) 2 задачи DP Алгоритм Алгоритм Витерби Самая правдоподобная цепочка скрытых состояний по шумным наблюдениям: улицы по GPS, участки генома, сообщение по битам. O(T · S²) 2 задачи DP Алгоритм Выравнивание последовательностей Лучшее сопоставление двух последовательностей с очками за замены и пропуски: целиком, по кускам и с проверкой на случайность. O(m · n) 2 задачи NUM Алгоритм Матрицы и рекуррентности Степень матрицы: пути длины k в графе, линейные рекуррентности, матрица переноса и цепи Маркова. O(m³ log k) для A^k размера m × m 2 задачи

Задачи

Звено повтора Ошибки секвенатора Праймер без двойников Сайты на кольце Сайты с буквой N Участки G и C ДНК без участка рестрикции Кольцо из кусков Общий кусок Палиндромы в ДНК Пропуски одним куском Сколько разных кусков Суффиксы генома по разрядам Счёт по перестановке Эхо Где начинается кольцо Кольцевой геном Куда легли риды

Часто рядом

классика 12 олимпиады 9 динамика 7 поиск в тексте 7 в проде 4 матрица 4 собеседования 3 предподсчёт 3 амортизация 3 поисковики 3 граф 2 обход 2